Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi'nin 26 Nisan 2011 tarihli gelecekteki faaliyetlerine İlişkin Anlaşma'nın 7. Maddesi uyarınca, üniversitenin eğitim, idari ve mali faaliyetleri ile Mütevelli Heyetinin mali harcamaları ve diğer faaliyetleri Denetim Komitesi tarafından denetlenmektedir. Denetim Komitesi, Kırgız ve Türk taraflarından 4'er kişi olmak üzere toplam 8 kişiden oluşuyor. Denetim Komitesi'nin Kırgız tarafındaki üyeleri Kırgız Cumhuriyeti Hükümeti'nin kararnamesiyle atanır. Denetim Komitesi Başkanı, tarafların karşılıklı mutabakatı ile Komite üyeleri arasından her bir tarafça 2 yıllık bir süre için atanır. Denetim Komitesi üyelerinin görev süresi 5 (beş) yıldır.
Prof. Dr. Naci GÜNDOĞAN
Denetleme Kurulu Başkanı,
TC Yükseköğretim Yürütme Kurulu Üyesi
Cibek DUYŞEEVA
Denetleme Kurulu Üyesi,Maliye Bakanı Vekili
Prof. Dr. Rahmi ER
Denetleme Kurulu Üyesi,
T.C. Yükseköğretim Kurulu Üyesi
Prof. Dr. Abılabek ASANKANOV
Denetleme Kurulu Üyesi,
K.C. Milli Bilimler Akademisi Muhabir Üyesi
Prof.Dr. Metin TOPCUOĞLU
Denetleme Kurulu Üyesi,
T.C. Yükseköğretim Kurulu Başkan Vekili/Yürütme Kurulu Üyesi
Prof. Dr. Tölöbek ABDIRAHMANOV
Denetleme Kurulu Üyesi,
Cusup Balasagun Kırgız Milli Üniversitesi Rektörü
İsmail ERASLAN
Denetleme Kurulu Üyesi,
T.C. Maliye Başkanlığı Strateji Geliştirme Daire Başkanı
Salmarbek ASANOV
Denetleme Kurulu Üyesi,
K.C. Eğitim ve Bilim Bakanlığı’na Bağlı Bütçe Politikası, Mali Analiz ve Yatırımlar Dairesi Başuzmanı